La flûte traversière serait apparue en Chine, puis en Occident au Moyen Âge (XIIe siècle). Les premières descriptions de l’instrument ne datent cependant que du XVIe siècle, période à laquelle on l’appelait « flûte d’allemand ». Dans la seconde moitié du XVIIe siècle, Jean-Baptiste Lully introduit la flûte traversière dans l’orchestre d’opéra et à partir du XVIIIe siècle, l’instrument se voit assigner une fonction importante de soliste, en raison de sa sonorité diaphane et de son agilité.

Pendant des siècles, les flûtes ont été fabriquées en bois, raison historique pour laquelle elles sont classées dans la famille des bois, même quand elles sont en métal. Le bois est progressivement remplacé par le métal au cours du XIXe siècle avec l’apparition de la flûte dite « Boehm ». Le métal permet en effet de réaliser des tubes plus réguliers, plus légers et une perce parfaitement cylindrique.